La lengua nativa del pueblo zuni es aislada, varios investigadores propusieron relaciones con la Penutia, Uto-Azteca, Tanoana y Keresan, pero ninguna ha ganado la aceptación general.
Características:
- Las vocales son largas y cortas: i, e, a, o, u. Existen tres niveles de tono y el acento se pone en la primera sílaba.
- Todas las sílabas deben comenzar con una consonante en inicio de la sílaba. El inicio puede opcionalmente tener dos consonantes.
- Los pronombres distinguen tres números (singular, dual y plural) y tres casos (tema, objeto y posesivo).
Nancy Davis, en su polémica teoría del posible contacto japonés, enumera las similitudes con esta lengua oriental. (Ver: El enigma de los zuni).